Qua từng thời kỳ phát triển, công nghệ sinh học chia thành 3 giai đoạn chính:
Công nghệ sinh học truyền thống: nhằm chế biến các sản phẩm dân dã đã có từ lâu đời như tương, chao, nước mắm... bằng các phương pháp truyền thống như: xử lý đất đai, phân bón,.... nhằm phục vụ cho nông nghiệp cây trồng, chăn nuôi; hay tạo ra các sản phẩm phục vụ nhu cầu đời sống sinh hoạt.
Công nghệ sinh học cận đại: có sử dụng công nghệ trong quá trình chế biến sản phẩm như việc sử dụng các nồi lên men công nghiệp để sản xuất ở quy mô lớn các sản phẩm sinh hoạt như mì chính, acid amin, acid hữu cơ, chất kháng sinh, vitamin, enzym, v.v....
